「문어 단지 계곡」의 깊은 곳을 순찰 중이던 마르징오와 3호가 옥타리안과 조우.
싸움 끝에 마르징오와 3호는 떨어져 옥타리안과 함께 더욱 깊은 지하로 낙하한다.

떨어진 곳은 「네르 사」라고 불리는 수수께끼의 회사가 운영하는 「심해 메트로」.
그곳에서 마르징오는 낙하의 충격으로 기억상실이 된 옥타리안을 8호라고 이름을 지어 협력 관계를 맺는다.
8호와 지상을 목표로 「심해 메트로」를 탐색. 「네르 사」가 준비한 다양한 실험 시설을 돌파해 간다.

같은 때, 지상에서는 「텐타클즈」가 마르징오의 통신기를 발견.
마르징오와 연락을 주고 받으며 이이다의 기술력을 활용한 해킹과 히메의 응원으로 8호를 돕는다.

조금씩 지상과 가까워지는 8호와 마르징오.
도중에 3호가 「네르 사」에 의식을 빼앗겨 습격해 오지만, 8호는 격투 끝에 격파한다.

마지막으로 막아 서는 것은 「네르 사」의 흑막인 타르타르 총수.
인간을 모방한 거대한 네르스 상으로 8호와 동료들을 습격하지만 히메의 선배 캐논을 필두로 한 「텐타클즈」의 협력도 있어, 이를 물리친다.

다양한 고난을 뛰어 넘어 8호와 동료들은 지상에 도달.
「오더폴리스 스퀘어」에 도착한다.
이 시기를 경계로 지상에 찾아오는 문어가 증가.
오징어와 문어가 뒤섞인 배틀이 전개된다.