성력 20XX년. 식량 고갈 문제를 해결하기 위해, 3명의 대원이 수수께끼의 행성으로 조사를 떠나게 되었다. 그런데, 착륙 직전에 사고가 일어났다. 뿔뿔이 흩어진 그들이 정신을 차렸을 때, 신기한 생명체와 조우했다. 누군가가 남긴 메모에 따르면, 본 적 없는 그 생명체는 피크민이라고 하는데.....