관광차 돌픽 섬을 찾은 마리오 일행은 섬을 더럽힌 낙서범이라는 누명을 뒤집어쓴다. 섬을 깨끗하게 만들겠다고 약속한 마리오 일행은 낙서로 인해 사라진 태양의 힘 「샤인」을 되찾고 결백을 증명하기 위해 진범을 쫓기로 결심한다.

Nintendo GameCube로 발매된 이래, 약 18년만의 복귀. 「펌프」를 등에 짊어지고 물을 내뿜어 적을 쓰러뜨리거나 하늘을 나는 등, 물을 사용한 액션이 특징이다. 본작에서는 화면 비율도 4:3에서 16:9로 최적화되었다.