피치공주의 편지를 받고 성으로 향하는 마리오. 하지만 그곳에는 묘한 정적만이 감돌고 있는데… 성에 들어서자 어디선가 쿠파의 웃음소리가 들려 온다. 납치된 피치공주를 구출하기 위해 그림 속 세계를 무대로 모험이 시작된다.

Nintendo 64 본체와 동시에 발매된 슈퍼 마리오 시리즈 첫 3D 액션 게임. 자유자재로 돌아다닐 수 있는 버라이어티한 스테이지를 무대로 마리오가 대모험. 3D 스틱을 최대로 활용한 플레이는 이후의 슈퍼 마리오 시리즈에도 큰 영향을 주었다.